Die Urologische Klinik, 1969 gegründet, ist die größte Abteilung dieses Fachgebietes im Land Brandenburg und wie alle anderen Kliniken des Krankenhauses als Abteilung des Akademischen Lehrkrankenhauses in den Unterricht der Medizinischen Fakultät der Humboldt-Universität Berlin eingebunden.

Das Fachgebiet der Urologie fasst die operative und die konservative Behandlung von Erkrankungen des gesamten Harntraktes und der männlichen Geschlechtsorgane. Dazu gehören sämtliche Erkrankungen des Harnleiters, der Harnblase, der Harnröhre, der Prostata und des männlichen Genitals in jedem Lebensalter, unabhängig von Entstehung und Ursache. In der Urologischen Klinik werden alle konservativen (medikamentösen), endoskopischen und offen-operativen Verfahren eingesetzt. In einem modern ausgerüsteten Operationssaal erfolgen offene und laparoskopische Operationen. Zwei weitere Operationssäle stehen für transurethrale (durch die Harnröhre) und endoskopische Eingriffe zur Verfügung.

Ein Stosswellenlithotripter zertrümmert berührungsfrei Steine in den Harnwegen. Ein Schwerpunkt der Klinik ist die Behandlung bösartiger Erkrankungen des Urogenitaltraktes. Hierbei besteht eine enge Zusammenarbeit mit der Arbeitsgemeinschaft für urologische Onkologie der Deutschen Krebsgesellschaft. Bei manchen Krankheitsbildern und -verläufen wird den Patienten die Aufnahme in Therapiestudien angeboten, die eine optimale Behandlung auf Stand der neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse garantieren. Die Mitarbeiter der Klinik nehmen insbesondere auf diesem Gebiet regelmäßig an wissenschaftlichen Fortbildungsveranstaltungen teil. Jährlich suchen ca. 2500 Patienten die Urologische Klinik zur Behandlung auf. 40 Prozent sind Cottbuser, 60 Prozent kommen aus umliegenden Ortschaften.